Часть I. «Основные события и важные перемены».
[i][b]В Конохе пост Хокаге приняла Цунадэ. Джирая и Какаши путешествуют по странам, пытаясь как можно больше узнать информации об организации с названием Акацки. Наруто тренируется над новыми техниками, так же как и все ниндзя его возраста. Неджи получает ранг Джонина и помогает Хинате освоить техники клана Хьюга. Все начинают поговаривать про корень Анбу о котором до этого момента мало, что было известно. Команда Асумы и Куренаи занимается тренировками, которые помогают им защитить себя в сложных миссиях. Рок Ли полностью выздоровел и продолжает улучшать свои навыки тайдзюцу. Сакура становится ученицей Цунадэ и постепенно осваивает медицинские дзюцу. Коноха начинает обустраиваться и в ней появляется очень много интересных мест, благодаря которым Селение Скрытого Листа становится самой большой деревней пяти стран шиноби. После этого, на деревню нападают Акацуки, дабы захватить Девятихвостого носителя, но к тому моменту Наруто не было в деревне. Он тренировался на Горе Миобоку. Пейн разрушает Коноху, после чего в самом центре деревни появляется Наруто и вступает с ним в затяжную битву. К Концу битвы, юный Узумаки побеждает все 6 тел Пейна, после чего умудряется найти самого Нагато. Поговорив с ним, Узумаки сумел изменить его взгляды на жизнь, после чего использовав специальную технику, Пейн вернул жизнь всем тем, у кого его отнял. Сам же носитель Риненгана скончался. Спустя небольшой промежуток времени, Селение Скрытого Листа восстанавливают.
В Суне пост Казекаге принял Гаара. Темари и Канкуро становятся Джонинами и всячески помогают Гааре стравиться с новыми обязанностями. Матсури становится ученицей Гаары, а совет деревни песка обсуждает вопрос об усилении защиты деревни.
В Аме пронёсся слух о смерти Ханзо и о новом правителе страны дождя – неизвестном Пейне. Новому правителю во всём помогает «Ангел», которая доносит слово его до простых жителей. Практически все шиноби примкнули к Пейну, но ещё остались те, кто служил Ханзо. Несмотря на то, что под влиянием дзюцу в деревне дождя постоянно идёт дождь, жители этой деревни очень мирные и по-прежнему в деревне есть заведения, в которых можно купить товары или отдохнуть. Весть о смерти Пейна донеслась до Селения, после чего совет деревни начинает решать вопрос о новой правителе.
В стране Камня проходит розыск ниндзя-подрывника, который работает как наёмник, и хотя о нём уже давно ничего не было слышно, жители страны Камня остерегаются его. В Иве всё спокойно и никаких особых страхов жители не чувствуют.
В стране Волн заканчивается строительство моста Наруто и, поэтому в страну был открыт свободный въезд. На могилу Забузы Момочи пришёл неизвестный ниндзя и забрал его великий меч. По городу иногда всё ещё шатаются ниндзя других деревень, но в основном там стоит мирная обстановка.
Часть II. «Слухи».
Поговаривают, что в пяти великих странах начинают пропадать самые опасные преступники. В Конохе до сих пор производится поиск Учихи Саске, а в деревне скрытого тумана расформировалась команда мечников тумана, и о них уже давно ничего не было слышно. В деревне водопада жители рассказывают о демоне, пожирающем сердца людей, а на границах стран шиноби находят распятых ниндзя, которых безжалостно убил какой-то неизвестный преступник. После ухода к Орочимару, Саске обучился множеству дзютцу, которые он спустя некоторое время применил против Орочимару и смог поглотить его. Спустя несколько месяцев в Конохе пронеслась весть, что Учиха Саске наконец убил своего брата, но его местоположение сейчас неизвестно. Узнав эту новость, Наруто с ещё большими силами пытается найти своего лучшего друга, чтобы вернуть его в деревню..
Часть III. «Новое».
Во всех деревнях появляются юные шиноби и куноичи отличающиеся от других своими способностями и хотя они не конкуренты таким кланам как Хьюга и Учиха, но в них есть то, чего не найти в других. (Речь идёт о неканонах, которых мы с удовольствием ждём на нашей ролевой).